Il 15 aprile, 1996, per la sua impresa spaziale, viene insignito del titolo di Commendatore al Merito della Repubblica Italiana dal Presidente Oscar Luigi Scalfaro.
L’11 maggio del 2001, dopo la seconda missione, gli viene conferito il titolo di Grand’Ufficiale al Merito della Repubblica Italiana dal Presidente Carlo Azeglio Ciampi.
Nel 1996, Guidoni riceve la Space Flight Medal della NASA per il suo primo volo orbitale dalle mani di George Abbey, direttore del JSC di Houston.
Gli viene conferita una nuova Space Flight Medal della NASA dopo il secondo volo del 2001.
Nel 2002, viene premiato con la Exceptional Service Medal come riconoscimento delle attività svolte durante le sue missioni nello spazio.
Altri Riconoscimenti
- Nel 1996, gli viene dedicato l’asteroide 10605 (Guidoni) scoperto da V. Giuliani e F. Manca
- Nel 2001, gli viene conferito il Premio Dorso e la medaglia d’oro della Società Geografica Italiana
- Nel 2002, gli viene assegnato il Premio Capo d’Orlando
- Nel 2004, riceve il Premio Simpatia e il Premio Internazionale Bonifacio VIII
- Nel 2008 viene premiato con la “Farfalla d’Argento” per il suo impegno con la DEBRA (associazione dei “bambini farfalla”). Riceve la cittadinanza onoraria di Medicina (BO), sede del Centro di radioastronomia
- Nel 2009, gli viene conferito il Premio Lacchini dell’Unione Astrofili Italiana
- Nel 2017, viene premiato come “Laureato Illustre” dal Rettore dell’Università La Sapienza di Roma
- Nel 2022, riceve il Premio “America” dalla Fondazione Italia-USA